【新帝国ギア】
ドクターマン名乗る狂気の科学者・影山秀夫を首領にした機械帝国。 南極にある基地ネオグラードを拠点に世界征服計画を遂行する。
首領	ギアのボス。元は人間だったが、自らをメカ改造。 ドクターマンに忠誠を誓うものは『フォア･ザ･マン!』という合言葉を発する。
ドクターマン
幹部	ギアの最高幹部であるビッグスリーのリーダー。 3人の中では冷酷。物語中盤で、右腕にミサイルが搭載されるように強化改造される。
メイスン
幹部	ビッグスリーの一人。 怪力自慢。物語中盤で、腕が5つに変形されるように強化改造される。
モンスター
幹部	ビッグスリーの紅一点。 変装が得意。物語中盤で、口からビームを吐くように強化改造される。
ファラ
幹部	ファラ配下の女性戦士。
ファラキャット
幹部	ドクターマンが自分の息子・影山秀一に似せて作ったロボット。
プリンス
第三勢力	バイオ星の反バイオ同盟が作り出した殺人ロボット。バイオ粒子を持つものは抹殺する。 バイオマン抹殺を邪魔するギアにも容赦無く攻撃する。反バイオ粒子を放つ銃・バイバスターが武器。また、巨大ロボ・バルジオンでバイオロボを破壊しようとする。
バイオハンター･シルバ
怪人	他のシリーズでは等身大系怪人に相当する、怪物型ロボット。5体で構成。後半、サイゴーン、メッツラー、ジュウオウのみが生き残りパワーアップ。各ジューノイドの解説は以下の通り。 【サイゴーン】ジューノイドのリーダーで、超能力を使う。パワーアップ後は、超能力が強化。 【メッツラー】一つ目で、変幻自在。パワーアップ後は、腕が伸びる。 【ジュウオウ】モンスターの子分で、怪力。パワーアップ後は、胸からバリバリロケットを発射。 【メッサージュウ】鳥のデザインをしたジューノイドで、空中戦が得意。物語中盤で倒される。 【アクアイガ】水中戦が得意。物語中盤で倒される。
ジューノイド
怪人	巨大化系怪人に相当する巨大ロボ。ビッグスリーの中の、今回の作戦指揮者が操作。 呼び方は「XXカンス」
メカジャイガン
怪人	パワーアップしたメカジャイガン。呼び方は「XXメガス」。
ネオメカジャイガン
戦闘兵	戦闘兵。
メカクローン